现在的花桥慈济宫仍存于旧址——泉州市中山南路花桥亭，宫内建筑古香古色，在周遭建筑的映衬下显得别具一格。  

　　花桥慈济宫临街而立，宫地比街面略高数尺。宫前有一方泉州市人民政府竖立的石碑，标明此处为市文物保护单位。驻足山门前，明代泉州大书法家张瑞图手书的“真人所居”四个大字跃然眼前。山门两侧为石墙，左右壁上各开一扇六角石窗。拾阶而上，入门可见一方供香客休憩之用的空地。每年夏季，这里都会设一奉茶处，向香客游人免费供奉药茶解暑。穿过空地，经一小庭院就到了大殿。  

　　殿前上方悬有由元代著名书法家赵孟頫书写的“慈济宫”匾额，笔墨饱满，金光灼灼。大殿龛内供奉保生大帝神像三尊，龛前案桌上供奉印、剑童及吴真人的门徒江仙官、张圣者各一尊，另有土地公一尊，案桌左边有虎、鸡、狗三尊塑像，俗称“三舍爷”，据史料记载，吴真人生前曾为它们医好病，三畜很感激，一直跟随在其身边不愿离开，真人升仙后也同登仙境。大殿北侧为“仙姑亭”，供奉真人门徒鄞仙姑，龛前正中供奉明朝敕封的保生大帝圣父母牌位一方。  

　　出了大殿，可以望见殿后有一座钢筋结构的三层赠药义诊大楼。此楼底层为赠药处、二层为义诊所及中西成药房，三楼为会议厅和接待室。而大殿与赠药义诊大楼之间的埕院则作为药圃，种植一些常用的草药品种，方便患者识别。  

　　花桥慈济宫建庙至今已近千年，它的建筑铺陈古朴大气，常年到此处求医问药、捐资献药、咨询、进香的来访者络绎不绝，是民间自发组织施德行善、义诊赠药场所的典范。